El sistema de autorregulación de la industria farmacéutica se sustenta sobre cinco principios fundamentales: legalidad, responsabilidad, compromiso, transparencia y prevención. Estos principios no sólo aseguran la plena sujeción al marco normativo nacional e internacional vigente, sino que también garantizan que la promoción de medicamentos y las relaciones con profesionales sanitarios y organizaciones de pacientes se lleven a cabo bajo los más estrictos principios éticos de profesionalidad y responsabilidad, potenciando la confianza en la industria farmacéutica. La aplicación del sistema de autorregulación, materializado en el Código de Buenas Prácticas de la Industria Farmacéutica, supone así un beneficio para la Administración, la industria farmacéutica y el interés público.
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Todo sistema de autorregulación se fundamenta en la existencia de unas normas de actuación y conducta que deben ser asumidas por todas aquellas partes que voluntariamente acepten someterse al mismo. El sistema de autorregulación de Farmaindustria, cumpliendo con el principio de legalidad, refleja y respeta el conjunto de disposiciones y normativas aplicables, pudiendo establecer medidas que resulten más restrictivas.
Los órganos encargados de velar por el cumplimiento del sistema de autorregulación son la Unidad de Supervisión Deontológica, la Comisión Deontológica de la Industria Farmacéutica Implantada en España y el Jurado de la Asociación para la Autorregulación de la Comunicación Comercial (AUTOCONTROL).